En enero de 2023, el Laboratorio del Ministerio de Salud de Burkina Faso publicó un artículo ' Evaluación comparativa del sistema automatizado de purificación de flexión kingfisher 96 (Thermofisher Scientific) y el mini kit de extracción de ARN viral de Qiaamp manual (Qiagen) para SARS-CoV - 2.

Este estudio explora el establecimiento de un nuevo sistema de detección Covid-19, utilizando el kit sin extracción de Rainsure Covid-19 para comparar la eficiencia de dos plataformas de extracción de ácido nucleico, Qiagen y Kingfisher, centrándose en la detección molecular rápida de la infección CovID-19. Y como un método clínico importante para la detección de patógenos, para garantizar la detección y diagnóstico rápidos y precisos de pacientes con infección de COVID-19. Los resultados de este estudio muestran que el método de extracción automática del Sistema de purificación de Flex Kingfisher 96 (Thermofisher) es menos sensible y específico que el método de extracción manual del Mini Kit de ARN viral Qiaamp (Qiagen).

Título: Evaluación comparativa del sistema automatizado de purificación de flexión kingfisher 96 (Thermofisher Scientific) y Manual de extracción de ARN viral de ARN Mini (Qiagen) para SARS-CoV-2

Revista: ' Revista Africana de Microbiología Clínica y Experimental '

Unidad: Ministerio de Salud de Burkina Faso

Publicado: enero de 2023

Plataforma de investigación: Kit gratuito de extracción coronaria Rainsure

Fondo

La eficiencia de extracción de ácido nucleico de las muestras SARS-CoV-2 afecta directamente la calidad de los resultados de la reacción en cadena de la polimerasa de transcripción inversa (RT-PCR), lo que lleva a errores en el diagnóstico de nueva neumonía coronaria. El objetivo de este estudio transversal fue evaluar el rendimiento de diagnóstico del Sistema de Extracción Automatizado Kingfisher Flex System 96 (Thermofisher) en comparación con el método de extracción manual del Mini Kit de ARN viral Qiaamp (Qiagen).

Método

De octubre a diciembre de 2020, se recolectaron especímenes de los sospechosos casos importados de Burkina Faso o contactos de pacientes con coronavirus, y se probaron 159 muestras de hisopos nasofaríngeas frescas y 120 especímenes de hisopo nasofaríngeo congelados. El kit de detección Covid 19 de 1 paso de 1 paso de 1 paso de Rainsure (RT-PCR, sin extracción de ARN) para detectar los productos extraídos por los dos métodos, y la amplificación por PCR se completó en el ciclador térmico QuantStudio5 (Applied Biosystems). El análisis del rendimiento diagnóstico de la detección de RT-PCR SARS-CoV-2 después de la extracción de ARN por los dos métodos se completó utilizando el software Openepi en línea (Fig. 1).

Figura 1: Pasos de análisis de análisis para muestras frescas (a) y congeladas (b)

El kit de detección COVID 19 de 1 paso de 1 paso de Fastplextm (RT-PCR, sin extracción de ARN) se usa para amplificar el Sistema de purificación de Flex Kingfisher Flex 96 (Thermofisher) y Qiaamp Viral RNA Mini Kit (Qiagen) en la misma placa de PCR) dos ARN obtenidos por dos métodos, los géneros de objetivos de la amplificación KIT incluyen: ORF1AB (ORF1AB ((álse de álbum de álbumes) (y nax. tinte fluorescente) y referencia interna (tinte fluorescente Cy5) (Tabla 1).

Tabla 1: tabla de resultados RT-PCR

Resultados

Para muestras frescas, el estudio encontró que la tasa positiva de RT-PCR después de la extracción manual fue ligeramente mayor que la de la extracción automática (12.6% frente a 9.4%). Para muestras congeladas, la tasa positiva de extracción manual fue mucho más alta que el método de extracción automatizada (38.33% frente a 20.83%). Los resultados mostraron que el método de extracción automática era menos efectivo que la extracción manual para muestras frescas (sensibilidad 35%, especificidad 94.2%) y muestras congeladas (sensibilidad 43.5%, especificidad 93.2%). Sin embargo, después de la prueba de McNemar con la corrección de Yates, para muestras frescas, no hubo diferencias significativas en la tasa positiva de RT-PCR entre los dos métodos de extracción (x2 = 0.76, p = 0.38), mientras que hubo una diferencia significativa en las muestras congeladas (x2 = 12.9, p = 0.0003).

El estudio encontró que la tasa positiva de RT-PCR de extracción manual de muestras frescas (12.6%, 20/159) era ligeramente mayor que la de la extracción automática (9.4%, 15/159). Siete muestras (4.4%) fueron positivas en extracciones manuales y automatizadas, mientras que 131 muestras (82.4%) fueron negativas. En comparación con la extracción manual, la especificidad de la extracción automática fue del 94.2%, la sensibilidad fue del 35.0%, el PPV de muestras nuevas fue del 46.7%y el VPN fue del 90.9%, pero utilizando la prueba de McNemar con la corrección de Yates, no hubo diferencia entre los dos métodos de extracción para muestras frescas. Diferencia significativa (x2 = 0.76, p = 0.38) (Tabla 2a).

Tabla 2A: Evaluación comparativa de los resultados de RT-PCR después de la extracción automática y manual de muestras frescas

Para las muestras congeladas, hubo una diferencia significativa en la tasa positiva de RT-PCR, entre las cuales el método de extracción manual fue (38.33%, 46/120), y el método de extracción automática fue (20.83%, 25/120) (x2 = 12.9, p = 0.0003). Veinte muestras (16.7%) fueron positivas en extracciones manuales y automatizadas, mientras que 69 muestras fueron negativas (57.5%). En comparación con la extracción manual, la extracción automática tenía una especificidad del 93.24%, la sensibilidad del 43.48%, el PPV del 80.0%y el VPN del 72.63%(Tabla 2B).

Tabla 2B: Evaluación comparativa de los resultados de RT-PCR después de la extracción automática y manual de muestras congeladas

Para muestras frescas, el sistema automático de purificación de flexión kingfisher de Kingfisher 96 (termofisher) en comparación con el método de extracción manual de ARN viral de QIAAMP (Qiagen), los pliegues de amplificación de los genes ORF1AB y N fueron 2.36 y 0.81 veces, respectivamente, lo cual era una diferencia estadísticamente significativa. Sin embargo, no hubo diferencias significativas entre los dos en el valor promedio de CT del gen N (p = 0.1319). Además, no hubo diferencias significativas entre los valores promedio de CT de los genes de referencia internos (P = 0.4939) (Tabla 3).

Tabla 3: Valores de CT promedio de la RT-PCR del gen SARS-CoV-2 después de la extracción de muestras frescas y congeladas

En comparación con el método de extracción manual del mini kit de ARN viral QIAAMP (Qiagen), el sistema de purificación FLEX FLEX de Kingfisher del sistema de extracción automático (Thermofisher) no tiene diferencias significativas en el valor promedio de CT de ORF1AB (P = 0.09885). Del mismo modo, no hubo diferencias significativas entre los valores medios de CT de N genes entre los dos extraídos automáticamente (P = 0.0594). Además, no hubo diferencias significativas entre los valores de CT promedio de los genes de referencia internos (P = 0.1045) (Tabla 3).

Conclusión

Los resultados de este estudio mostraron que el sistema automatizado del sistema de purificación FLEX FLEX 96 (Thermofisher) era menos sensible y específico que el método de extracción manual de Mini Mini de ARN viral QIAAMP (Qiagen). Estos datos se pueden utilizar como información de orientación para los laboratorios para elegir métodos de extracción de ARN para la detección de RT-PCR de SARS-CoV-2.